package pl.com.like.sequoia.maintenance.compare.util;

import org.biojava.bio.structure.align.StrucAligParameters;
import org.springframework.util.Assert;

import pl.com.like.sequoia.model.admin.SearchParameters;

public class StrucAligParametersImporter {

	public StrucAligParameters getAlignParameters(SearchParameters params) {
		Assert.notNull(params);
		StrucAligParameters ap = new StrucAligParameters();
		ap.setAngleDiff(params.getAngleDiff());
		ap.setCreate_co(params.getCreate_co());
		ap.setDensityCutoff(params.getDensityCutoff());
		ap.setDiagonalDistance(params.getDiagonalDistance());
		ap.setDiagonalDistance2(params.getDiagonalDistance2());
		ap.setDoAngleCheck(params.getDoAngleCheck());
		ap.setDoDensityCheck(params.getDoDensityCheck());
		ap.setDoDistanceCheck(params.getDoDistanceCheck());
		ap.setDoRMSCheck(params.getDoRMSCheck());
		ap.setEvalCutoff(params.getEvalCutoff());
		ap.setFragCompat(params.getFragCompat());
		ap.setFragmentLength(params.getFragmentLength());
		ap.setFragmentMiniDistance(params.getFragmentMiniDistance());
		ap.setGapExtension(params.getGapExtension());
		ap.setGapOpen(params.getGapExtension());
		ap.setInitialK(params.getInitialK());
		ap.setJoinPlo(params.getJoinPlo());
		ap.setJoinRMSCutoff(params.getJoinRMSCutoff());
		ap.setMaxIter(params.getMaxIter());
		ap.setMaxrefine(params.getMaxrefine());
		ap.setPermutationSize(params.getPermutationSize());
		ap.setReduceInitialFragments(params.getReduceInitialFragments());
		ap.setSeedFragmentLength(params.getSeedFragmentLength());
		ap.setSeedRmsdCutoff(params.getSeedRmsdCutoff());
		return ap;
	}

}
